Bafra İlçesi Büyükcami Mahallesi'nde yıkılmaya yüz tutmuş 1858 yılında yaptırılan ve bir süre Şehir Kulübü ve Öğretmen evi olarak da kullanılan bina müzeye dönüştürülmüştür. Özellikle 30 yıldır sürdürülen İkiztepe kazılarında ortaya çıkartılan ve Samsun’da sergilenen tarihi eserlere ev sahipliği yapmaktadır.Bilinen geçmişi M.Ö. 5000-4000 yıllara dayanan İkiztepe Köyü sınırlarında bulunan İkiztepe'de "1971 yılından itibaren yapılan yüzey araştırmalarında 57 höyük tipi, 6 düz yerleşim yeri, 25 antik çağ ile hemen sonrasına ait kalıntı, 48 tümülüs, 5 kaya mezarı, 3 mezarlık, 1 kale, 1 hamam, bir köprü bulunmuştur. Müze binası 19. yüzyılda yapılmış, daha sonra çeşitli amaçlarla kullanılmış, Kültür ve Turizm Bakanlığımızın mülkiyetinde olan 2 bin 152 metrekarelik bir alana sahip bir bina olup, Kültür ve Turizm Bakanlığınca bina restorasyon ve dizayn edilerek bu günkü haline getirilmiştir. İçerisinde 1.520 arkeolojik ve etnoğrafik eser bulunmaktadır. Samsun ve bölgesindeki kazılardan elde edilen çeşitli kültürel değerler, burada sergilenmektedir.